Corría el año 1959, cuando un grupo de hombres visionarios, quisieron hacer un servicio a la comunidad loina, un servicio que a los ojos de los hombres era una locura, pero ante los ojos de Dios, era solo el ejercicio de una profunda fe. Una locura, porque construir un colegio en una vega fuera de la ciudad y en el sitio que ocupaban unos gallineros, que, gracias a la gran generosidad y esfuerzo de muchos, se transformaron en una sala de clases, siendo la base estructural del instituto, en el año 1960.

Por iniciativa del sacerdote Faustino Ardanaz, con el apoyo del entonces obispo de Antofagasta, Francisco De Borja Valenzuela Ríos, se solicita la autorización al Ministerio de Educación para iniciar las clases con cuatro cursos, y con un total de más de ochenta niños, cuatro sacerdotes, una hermana de procedencia española y una hermana canadiense como primeros profesores.

Su primer edificio fue el Club Social de Calama, ubicado en la Plaza 23 de Marzo edificio que en la actualidad ocupa en Servicio Nacional de Prevención y su primer director interino fue don Ramon Buxarrai Ventura, posteriormente se crea el cargo de rector. Cargo que a la fecha han desempeñado las siguientes personas: Padre Joaquín Farras Corominas, Padre Jorge Jorba Navarro, Freddy Córdova Zarate, Padre Vicente Balaguer Gisbert, Jorge Zamora Cubillos y el Señor Eduardo Navarrete Cruzatt.

El nombre del instituto es en reconocimiento, al centenario del nacimiento del Obispo de Antofagasta Monseñor Luis Silva Lezaeta.

El instituto es confesional católico.